Thời kháng chiến chống Pháp, Yên Lạc là vùng địch tạm chiếm, tiếp giáp với vùng tự do, nằm trên con đường huyết mạch tiếp tế sức người, sức của cho tiền tuyến. Trong thời kỳ xây dựng đất nước, huyện là vùng trọng điểm lúa của tỉnh. Hoàn toàn không phải ngẫu nhiên mà khi thành lập đạo Vĩnh Yên (năm 1890), tỉnh Vĩnh Yên (năm 1899), thì chữ cái đầu của trong tên huyện Yên Lạc, Vĩnh Tường được ghép trong tên của tỉnh (Vĩnh Tường và Yên Lạc thành tỉnh Vĩnh Yên).

Huyện Yên Lạc nằm ở một vùng đất cổ, gắn liền với quá trình hình thành và phát triển của dân tộc Việt Nam. Những phát hiện của ngành khảo cổ qua 7 lần khai quật ở di chỉ Đồng Đậu thuộc xã Minh Tân (nay là Thị trấn Yên Lạc) đã chứng minh, từ buổi bình minh của lịch sử dân tộc, ở Yên Lạc đã có con người sinh sống. Đồng Đậu là một di tích khảo cổ rộng lớn, có tầng văn hóa dày vào bậc nhất nước ta (trên 3m), với số lượng hiện vật vô cùng phong phú, đa dạng về loại hình và chất liệu. Từ đồ đá, đồ gốm, đồ xương đến đồ đồng – mũi tên, mũi lao, lưỡi câu, rìu, dũa, khuôn đúc rìu, khuôn đúc mũi tên, mảnh nồi nấu đồng, hạt gạo bị cháy, nhiều xương răng, sừng hươu, nai, lợn rừng, trâu bò, răng cá, hài cốt ở hai ngôi mộ,… Những hiện vật ở Đồng Đậu thể hiện đầy đủ 4 giai đoạn phát triển văn hóa (Phùng Nguyên, Đồng Đậu, Gò Mun, Đông Sơn), liên tục từ thấp đến cao, cách ngày nay 3.500 năm, chứng tỏ cư dân Đồng Đậu không những sinh sống bằng nghề săn bắn, đánh cá mà còn sinh sống bằng nông nghiệp, trồng lúa nước, đã nắm vững kỹ thuật luyện đúc đồng và thực hiện ngay tại Đồng Đậu. Những hiện vật tìm thấy ở Đồng Đậu góp phần khẳng định: Trong tiến trình lịch sử của dân tộc, người Việt cổ từ du canh du cư, dừng lại Đồng Đậu – Yên Lạc, trồng lúa nước và ngày càng tập trung vào nông nghiệp, trải qua hàng ngàn năm, góp phần xây dựng nên nền văn minh sông Hồng rực rỡ.

Ở một vùng đất cổ, có nhiều điều kiện để trồng trọt, phát triển nông nghiệp, con người đã tụ hội sinh sống ở đây từ lâu đời. Vì thế, huyện Yên Lạc hình thành khá sớm. Theo Dư địa chí của Nguyễn Trãi (thế kỷ XV), Đại Việt địa dư toàn biên của Phương Đình Nguyễn Văn Siêu (thế kỷ XIX), Đại Nam nhất thống chí do Quốc sử quán triều Nguyễn biên soạn… thì tên huyện Yên Lạc đã có từ thời Đinh (thế kỷ X), những năm mở đầu thời kỳ độc lập lâu dài của dân tộc. Từ đó đến nay, trải qua hơn 1000 năm với bao đổi thay về chính trị, hành chính, kinh tế - xã hội, huyện Yên Lạc vẫn liên tục tồn tại và không ngừng phát triển. Huyện Yên Lạc thuộc đạo (thời nhà Đinh), lộ (thời Lý, Trần), phủ (thời Lê) Tam Đới (Tam Đái), châu (xứ, trấn, thừa tuyên) Sơn Tây. Đến thời Minh Mạng nhà Nguyễn, các đơn vị hành chính ở nước ta được chia thành tỉnh. Sơn Tây là một tỉnh, có 5 phủ, 24 huyện. Phủ Tam Đới được đổi là phủ Tam Đa, trong đó có huyện Yên Lạc. Năm Minh Mạng thứ 13, huyện Yên Lạc được nâng lên thành phân phủ Yên Lạc, có 15 tổng, 107 xã, thôn, phường. Lỵ sở của huyện ở xã Vĩnh Mỗ (nay là thị trấn Yên Lạc).

Dưới thời phong kiến, Yên Lạc là một huyện lớn, người đông, sản vật phong phú, khá nổi tiếng. Sách Tứ trấn ký viết: Phủ thì nhất Tam Đới, nhì Khoái Châu. Huyện thì Nam Châu, Bắc Dũng, Đông Kỳ, Tây Lạc (đó là huyện Châu Ninh thuộc Nam Định, Yên Dũng thuộc Kinh Bắc, Tứ Kỳ thuộc Hải Dương và Yên Lạc thuộc Sơn Tây), đều là những vùng đất phì nhiêu.

Năm 1890, Toàn quyền Đông Dương thành lập Đạo Vĩnh Yên, gồm phủ Vĩnh Tường và các huyện Yên Lạc, Bạch Hạc, Lập Thạch, Tam Dương, Yên Lãng (tách từ tỉnh Sơn Tây) và huyện Bình Xuyên (tách từ tỉnh Thái Nguyên). Năm 1891, Toàn quyền Đông Dương bỏ đạo Vĩnh Yên, chuyển toàn bộ các huyện, trong đó có Yên Lạc, về tỉnh Sơn Tây.

Đến năm 1899, Toàn quyền Đông Dương lập tỉnh Vĩnh Yên. Yên Lạc là một huyện của tỉnh Vĩnh Yên.

Sau Cách mạng tháng Tám (1945), đơn vị hành chính tỉnh Vĩnh Yên, huyện Yên Lạc không thay đổi.

Ngày 12 tháng 2 năm 1950, trước yêu cầu mới của nhiệm vụ cách mạng, Thủ tướng Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hòa ra Nghị định hợp nhất tỉnh Vĩnh Yên và tỉnh Phúc Yên thành tỉnh Vĩnh Phúc. Yên Lạc là một huyện của tỉnh Vĩnh Phúc.

Tháng 2 năm 1968, thực hiện Quyết định của Quốc hội nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, hai tỉnh Vĩnh Phúc, Phú Thọ hợp nhất thành tỉnh Vĩnh Phú. Yên Lạc là một huyện của tỉnh Vĩnh Phú.

Ngày 5 tháng 7 năm 1977, huyện Yên Lạc hợp nhất với huyện Vĩnh Tường thành huyện Vĩnh Lạc, riêng 4 xã: Bình Định, Minh Tân, Nguyệt Đức và Văn Tiến được sáp nhập vào huyện Mê Linh mới thành lập[2]. Tuy nhiên, đến ngày 29 tháng 12 năm 1978, các xã nói trên lại được chuyển về huyện Vĩnh Lạc.[3]

Ngày 7 tháng 10 năm 1995, Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ra Nghị định số 63/CP chia Vĩnh Lạc thành hai huyện như trước đây: Yên Lạc và Vĩnh Tường. Khi tái lập, huyện Yên Lạc có diện tích tự nhiên là 107,6 km², dân số là 140.680 người, có 17 xã: Đồng Cương, Bình Định, Trung Nguyên, Tề Lỗ, Minh Tân, Tam Hồng, Yên Đồng, Đại Tự, Hồng Châu, Liên Châu, Trung Hà, Trung Kiên, Hồng Phương, Nguyệt Đức, Văn Tiến, Yên Phương và Đồng Văn.[4]

Sau gần 29 năm hợp nhất với Phú Thọ, ngày 1 tháng 1 năm 1997, tỉnh Vĩnh Phúc được lập lại theo Nghị quyết của Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, khóa IX, kỳ họp thứ 10, tháng 11 năm 1996. Từ đó Yên Lạc lại là một huyện của tỉnh Vĩnh Phúc.

Ngày 28 tháng 5 năm 1997, Chính phủ ban hành Nghị định 53-CP năm 1997 về việc thành lập thị trấn Yên Lạc trên cơ sở giải thể xã Minh Tân.[5]